С семи-восьмилетнего возраста у Матронушки открылся дар предсказания и исцеления больных.
Дом Никоновых находился поблизости от церкви Успения Божией Матери. Храм красивый, один на семь-восемь окрестных деревень. Родители Матроны отличались глубоким благочестием и любили вместе бывать на богослужениях. Матронушка буквально выросла в храме, ходила на службы сначала с матерью, потом одна, при всякой возможности. Не зная, где дочка, мать обычно находила ее в церкви. У нее было свое привычное место — слева, за входной дверью, у западной стены, где она неподвижно стояла во время службы. Она хорошо знала церковные песнопения и часто подпевала певчим. Видимо, еще в детстве Матрона стяжала дар непрестанной молитвы.
Когда мать, жалея ее, говорила Матронушке: «Дитя ты мое несчастное!» — она удивлялась: «Я-то несчастная? У тебя Ваня несчастный да Миша». Она понимала, что ей дано от Бога гораздо больше, чем другим.
Даром духовного рассуждения, прозорливости, чудотворения и исцеления Матрона была отмечена Богом с ранних пор. Близкие стали замечать, что ей ведомы не только человеческие грехи, преступления, но и мысли. Она чувствовала приближение опасности, предвидела стихийные и общественные бедствия. По ее молитве люди получали исцеление от болезней и утешение в скорбях. К ней стали ходить и ездить посетители. К избе Никоновых шли люди, тянулись подводы, телеги с больными из окрестных сел и деревень, со всего уезда, из других уездов и даже губерний. Привозили лежачих больных, которых девочка поднимала на ноги. Желая отблагодарить Матрону, они оставляли ее родителям продукты и подарки. Так девочка, вместо того чтобы стать обузой для семьи, стала ее главной кормилицей.
Родители Матроны любили ходить в храм вместе. Однажды в праздник мать Матроны одевается и зовет с собой мужа. Но он отказался и не пошел. Дома он читал молитвы, пел. Матрона тоже была дома. Мать же, находясь в храме, все думала о своем муже: «Вот, не пошел». И все волновалась. Литургия закончилась, Наталия пришла домой, а Матрона ей говорит: « Ты, мама, в храме не была». «Как не была? Я только что пришла и вот раздеваюсь!» А девочка замечает: «Вот отец был в храме, а тебя там не было.» Духовным зрением она видела, что мать находилась в храме только телесно.
Как-то осенью Матронушка сидела на завалинке. Мать ей говорит: «Что же ты сидишь, холодно, иди в избу». Матрона отвечает: «Мне дома сидеть нельзя, огонь мне подставляют, вилами колют». Мать недоумевает: «Там нет никого». А Матрона ей поясняет: «Ты же, мама, не понимаешь, сатана меня искушает!»
Однажды Матрона говорит матери: «Мама, готовься, у меня скоро будет свадьба». Мать рассказала священнику, тот пришел, причастил девочку (он всегда причащал ее на дому по ее желанию). И вдруг через несколько дней едут и едут повозки к дому Никоновых, идут люди со своими бедами и горестями, везут больных и почему-то все спрашивают Матронушку. Она читала над ними молитвы и очень многих исцеляла. Мать се спрашивает: «Матрюшенька, да что же это такое?» А она отвечает: «Я же тебе говорила, что будет свадьба».
Ксения Ивановна Сифарова, родственница брата блаженной Матроны рассказывала, как однажды Матрона сказала матери: «Я сейчас уйду, а завтра будет пожар, но ты не сгоришь». И действительно, утром начался пожар, чуть ли не вся деревня сгорела, затем ветер перекинул огонь на другую сторону деревни, и дом матери остался цел.
В отрочестве ей представилась возможность попутешествовать. Дочь местного помещика, благочестивая и добрая девица Лидия Янькова, брала Матрону с собой в паломничества: в Киево-Печерскую лавру, Троице-Сергиеву лавру, в Петербург, другие города и святые места России. До нас дошло предание о встрече Матронушки со святым праведным Иоанном Кронштадтским, который по окончании службы в Андреевском соборе Кронштадта попросил народ расступиться перед подходящей к солее 14-летней Матроной и во всеуслышание сказал: «Матронушка, иди-иди ко мне. Вот идет моя смена — восьмой столп России». Значения этих слов матушка никому не объяснила, но ее близкие догадывались, что отец Иоанн провидел особое служение Матронушки России и русскому народу во времена гонений на Церковь.
Прошло немного времени, и на семнадцатом году Матрона лишилась возможности ходить: у нее внезапно отнялись ноги. Сама матушка указывала на духовную причину болезни. Она шла по храму после причастия и знала, что к ней подойдет женщина, которая отнимет у нее способность ходить. Так и случилось. «Я не избегала этого — такова была воля Божия».
До конца дней своих она была «сидячей». И сидение ее — в разных домах и квартирах, где она находила приют, — продолжалось еще пятьдесят лет. Она никогда не роптала из-за своего недуга, а смиренно несла этот тяжкий крест, данный ей от Бога.
Еще в раннем возрасте Матрона предсказала революцию, как «будут грабить, разорять храмы и всех подряд гнать». Образно она показывала, как будут делить землю, хватать с жадностью наделы, лишь бы захватить себе лишнее, а потом все бросят землю и побегут кто куда. Земля никому не нужна будет.
Помещику из их села Себино Янькову Матрона советовала перед революцией все продать и уехать за границу. Если бы он послушал блаженную, то не видел бы разграбления своего имения и избежал ранней, преждевременной смерти, а дочь его — скитаний.
Односельчанка Матроны, Евгения Ивановна Калачкова, рассказывала, что перед самой революцией одна барыня купила дом в Себино, пришла к Матроне и говорит: «Я хочу строить колокольню». «Что ты задумала делать, то не сбудется», — отвечает Матрона. Барыня удивилась: «Как же не сбудется, когда все у меня есть — и деньги, и материалы?» Так ничего с постройкой колокольни и не вышло.